O game se passa centenas de anos depois dos acontecimentos de Ni no Kuni: Wrath of the White Witch, no qual assumimos o papel de Evan, o príncipe e futuro governante do reino de Ding Dong Dell. Após a morte de seu pai, o garoto é deposto em um golpe de estado e obrigado a fugir às pressas daquele que um dia foi seu amado lar, embarcando em uma aventura onde o objetivo é criar uma nova nação onde todos possam viver felizes para sempre.