A jogabilidade de Halo Wars 2 não é muito diferente de Halo Wars, sendo que a mecânica de combate segue à risca a solução encontrada em 2009, ou seja, temos novamente o esquema de “jokempô”. Há três tipos de unidades: infantarias terrestres, veículos e aeronaves. Unidades aéreas derrotam veículos terrestres, veículos massacram infantarias e infantarias podem derrubar aeronaves facilmente.  Cada unidade tem suas habilidades especiais que tornam os embates bastante estratégicos. Além das unidades básicas, o jogador pode utilizar um potente canhão laser espacial ou tornar seus soldados invencíveis por tempo limitado.

Na tela de seleção, é possível escolher entre três facções: Humanos, Covenants e Banished - esta última já havia sido mencionada em livros, mas é a primeira vez que aparecem em um jogo da franquia. Cada uma delas possui suas próprias particularidades e todas podem ser customizadas e melhoradas. Parece que os produtores quiseram tornar a experiência de jogo um pouco mais dinâmica.

Para vencer os combates é necessário utilizar-se de estratégia, além de procurar novos recursos e aumentar as defesas das unidades. A Creative Assembly manteve a preocupação em garantir que jogadores de primeira viagem não tenham a chance de derrotar jogadores experientes por meio de sorte. Quem jogou a versão beta disponibilizada no mês de junho, garantiu que os combates são bastante divertidos e tem o potencial de superar o original.

Uma mudança bastante elogiada foi a nova mecânica para selecionar unidades: desta vez é possível selecionar unidades individuais ou grupos inteiros de uma vez. Isto significa que você pode colocar todo o seu esquadrão de marines, spartans, veículos e unidades aéreas para fulminar seus inimigos em uma verdadeira blitzkrieg.

Sem conhecimento de como a guerra entre os humanos e covenants terminou, as forças do Spirit of Fire viajam até a superfície da Arca, ao receber um sinal de um sinal de emergência. Lá eles encontram e batalham contra uma facção alienígena conhecida como o Banished, um grupo que desertou das forças Covenant. Esses aliens são guiados por Atriox, um general inteligente, mas com más intenções. A partir daí, começam batalhas ferrenhas entre humanos e os Banished. O grupo Banished ficou conhecido por ser bastante cruel e por utilizar armas pouco convencionais, fato que os separou de vez da aliança Covenant, que apesar de mal intencionados, podiam agir mais racionalmente.